​近日，《呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识》于《中华临床感染病杂志》重磅发布。

宏基因组二代测序（mNGS）已被广泛应用于感染性疾病的病原检测。然而，呼吸系统感染具有特殊性：病原组成复杂、标本类型选择多样、存在感染与定植、不同标本类型结果解读原则不尽相同等。为规范临床送检适应证，选择合适的送检标本以及恰当地解读报告， 胡必杰、王明贵等专家对上述问题进行讨论并撰写专家共识，以期为呼吸系统感染中mNGS技术临床应用及报告解读提供专业的指导和帮助。

共识要点

一、呼吸系统感染临床送检适应证

以下送检推荐，建议在送检ｍNGS的同时送检传统微生物检测。

推荐1：疑似下呼吸道感染(LRTIs)的危重症患者，建议送检mNGS。

推荐2：免疫功能抑制患者的呼吸系统感染，建议送检mNGS。

推荐3：疑似慢性肺部感染或难治性感染，且既往治疗效果不佳时，建议送检mNGS。

推荐4：疑似呼吸道感染暴发且病原体不明，建议送检mNGS。

推荐5：通过有创性操作获取的组织标本，如经皮肺穿刺组织、经支气管镜肺活检组织(TBLB) 及经超声支气管镜淋巴结穿刺活检组织(EBUS-TBNA)等，建议送检mNGS。

推荐6：怀疑厌氧菌引起的肺脓肿、坏死性肺炎或其他肺部感染，建议采集避免口腔菌群污染的标本(如下呼吸道标本、经皮穿刺肺活检组织及胸腔积液)，送检mNGS。

二呼吸系统感染送检标本类型选择

呼吸道感染标本类型的选择首先需考虑从原发感染部位采集，LRTIs更为复杂，肺部病灶部位、形态、大小、咳痰质量、有创操作耐受情况等均会影响选取最合适的标本类型。

以下送检推荐，建议在送检mNGS的同时送检传统微生物检测。

推荐7：怀疑感染的肺部弥漫性病变，建议首选支气管肺泡灌洗液(BALF)；若无法耐受有创性检查，建议选择诱导痰、咳痰或者经上呼吸道吸痰标本。

推荐8：怀疑病毒性LRTIs者，建议同时送检下呼吸道标本进行DNA＋RNA检测。

推荐9：疑似病毒性LRTIs者，若无法获得下呼吸道标本，建议采集鼻咽拭子或外周血送检mNGS。

推荐10：对于肺部外周性病灶、局限性病灶或纵膈、纵膈/肺门淋巴结肿大，应根据病灶的特点，个体化选择有创性操作方式获取组织送检。

推荐11：对于疑似肺部感染而无法取得呼吸道标本患者，建议采集外周血送检mNGS。

推荐12：对于肺部病灶疑似为全身疾病累及的患者，建议采集其他局部病灶作为次选标本，送检mNGS。

三、呼吸系统感染mNGS检测结果解读

如何有效精准地解读呼吸道标本mNGS结果已成为临床医师关心的重点问题，呼吸系统标本mNGS检测结果解读需遵循以下原则：

(1) 检出结果需结合临床表现、实验室检查、及胸部影像学；

(2) 检出结果需结合其他传统微生物报告，并通过其他检测技术进行交叉验证；

(3) 结合检出微生物的种类、特异性序列数及相对丰度判断其为致病菌、定植菌还是背景菌；

(4) 若单一标本无法判定是否致病微生物，有条件情况下可结合多个不同类型标本的检测结果判断。

推荐13：若痰标本或BALF检出上呼吸道常见定植微生物，如草绿色链球菌、奈瑟菌属、嗜血杆菌属、普雷沃菌属、韦荣球菌属、罗氏菌属、凝固酶阴性葡萄球菌、肠球菌属、念珠菌属等，考虑定植可能大。

推荐14：若痰标本或BALF检出不存在或很少存在于口腔的病原体，如嗜肺军团菌、衣原体、百日咳博德特氏菌、白喉棒状杆菌等，考虑致病微生物可能大。

推荐15：若呼吸道标本检出结核分枝杆菌复合群(MTBC，包括MTB、卡内蒂分枝杆菌、非洲分枝杆菌和牛分枝杆菌)，即使序列数极少，仍需考虑其为致病微生物的可能。

推荐16：若呼吸道标本检出NTM，需结合所检出分枝杆菌属排名情况及种的类别，如常见致病的鸟胞分枝杆菌复合群、脓肿分枝杆菌复合群、堪萨斯分枝杆菌，考虑其为致病微生物的可能。

推荐17：若呼吸道标本检出隐球菌属、曲霉属、毛霉属及其他丝状真菌，若检出序列数较低，需结合影像学、血清学、组织病理学等考虑其为致病微生物的可能。

推荐18：医院获得性肺炎/呼吸机相关肺炎(HAP/VAP)患者若检出院内感染病原体，如鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌及嗜麦芽窄食单胞菌等条件致病菌，需要将检出序列数、相对丰度与机械通气、临床信息、影像学证据综合考虑是否为致病微生物。

推荐19：免疫功能抑制患者的呼吸系统感染检出的低毒力病原体，需考虑致病微生物可能大。

推荐20：mNGS如检出高传染性或高致病性病原体，无论特异性序列数多少都应充分重视，需对检测结果进行复核以及使用其他检测技术验证。

推荐21：呼吸道标本若检出环境中广泛存在的微生物时，需考虑标本处理过程中的污染。

推荐22：呼吸系统标本若检出大量口腔厌氧菌，需结合患者的病史、标本类型，必要时结合文献资料综合判读。

推荐23：若2种类型呼吸道标本或1种呼吸道标本与1种非呼吸道标本同时检出同一病原体，需考虑有临床意义。

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文章来源：中华医学会细菌感染与耐药防治分会. 呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识[J]. 中华临床感染病杂志, 2022, 15(2):90-102. DOI:10.3760/cma.j.issn.1674-2397.2022.02.002.

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http://rs.yiigle.com/CN115673202202/1389274.htm