宝藤生物与秦皇岛市第一人民医院合作完成了152例患者的病原微生物宏基因组二代测序（mNGS）。研究比较了肺泡灌洗液、血液、痰、脑脊液、胆汁、胸膜液、脓液等样本传统微生物鉴定(CMT)和mNGS的结果，并对其中鲍曼不动杆菌阳性的样本进行了耐药基因和进化关系分析，以期为mNGS在临床抗感染治疗提供相关分子生物学证据。

该研究成果The Comparison of Metagenomic Next-Generation Sequencing with Conventional Microbiological Tests for Identification of Pathogens and Antibiotic Resistance Genes in Infectious Diseases于2022年10月发表于《Infection and Drug Resistance》杂志。

152名患者中128位患者最终确认感染，6位患者排除感染，11位患者仅有mNGS结果，3位患者转诊后无法随访，2位患者测序质量不合格，最终入组134例样本，其中下呼吸道感染占71%，血流感染占8%，中枢神经系统感染占6%，腹腔感染占5%，不明原因发热占4%，皮肤及软组织感染占1%，多处混合感染占5%。

图1 感染部位分布图

mNGS和传统方法相比灵敏性更高（74.2%vs57.8%，P<0.001），其中鲍曼不动杆菌感染阳性率最高，占13.3%，共计17例检出。往后依次为肺炎克雷伯菌、白色念珠菌、EB病毒、铜绿假单胞菌、结核分枝杆菌等。

图2 mNGS和传统方法检出一致性比较

表1 mNGS和传统方法检出敏感性及特异性对比表

图3 感染病原分布图

经临床反馈鲍曼不动杆菌阳性患者耐药情况明显，我们根据mNGS测序结果进行了耐药基因分析和菌株进化亲缘分析，结果显示鲍曼不动杆菌最常见的耐药基因为sul2、ade和APH(3’’)-Ib基因，主要引起临床碳青霉烯类、培南类、头孢菌素类、氨基糖苷类等多种抗生素治疗无效。

结合临床药物治疗结果，我们也发现当鲍曼不动杆菌基因组覆盖率超过2.4%时，mNGS检测到的耐药基因指导临床抗生素的使用，缩短患者的住院时长。但mNGS结果对临床医生指导感染性疾病的临床治疗仍是一个挑战。

图4 鲍曼不动杆菌耐药基因检出分布图

图5 17例鲍曼不动杆菌进化树

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宝藤PPmeta^®感染宏基因组检测可直接对样本中的核酸进行高通量测序，鉴定样本中可能存在的病原菌，辅助临床决策。

目前PPmeta^®覆盖细菌、真菌、病毒、寄生虫、衣原体、立克次氏体、螺旋体等17822种微生物；同时提供耐药基因检测，目前涵盖了266种耐药菌，可分析2984种抗生素抗性基因。

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