2022年6月，我国首篇新生儿感染领域mNGS临床应用专家共识——“宏基因组二代测序技术在新生儿感染性疾病中的临床应用专家共识”重磅发布。

近年来基于高通量测序平台的宏基因组二代测序（mNGS）技术在新生儿感染性疾病领域得到了广泛应用。为了更加规范mNGS技术在新生儿重症监护病房的应用，中华医学会儿科学分会新生儿学组和中华儿科杂志编辑委员会组织专家以国内外循证医学证据和最新进展为基础，从mNGS技术的临床适应证、标本采集与转运、报告解读等方面给出建议。共识的发布对提高mNGS的诊断质量，规范其在新生儿感染性疾病领域的临床应用具有重要意义。

一、mNGS在NICU感染性疾病中的应用

共识1

患儿具有急危重症表现，不除外感染，或有继发或并发危及生命的严重感染，需要尽快明确病原体，建议常规检测的同时送检mNGS。

共识2

高度怀疑患儿存在新生儿血流感染甚至败血症时，若经验治疗3天效果不佳且常规微生物学检查送检阴性，建议调整经验抗微生物治疗方案的同时采集血液样本送检mNGS。推荐DNA测序作为血流感染的首选检测方法，在高度怀疑RNA病毒感染的情况下可同时进行RNA测序。

共识3

对于疑似中枢神经系统（central nervous system，CNS）感染的患儿，条件允许的情况下建议留取常规、生化及微生物检查所需脑脊液的同时留取mNGS所需脑脊液，若脑脊液检查结果提示常规和（或）生化指标异常且常规微生物检测阴性且经验性抗感染治疗3天无效，建议立即送检mNGS。

共识4

对于疑似呼吸道感染的重症患儿，常规微生物检查(培养或核酸检测)阴性且治疗3天无效，可送检mNGS，应同时进行DNA及RNA测序。样本类型优先选择肺泡灌洗液，其次考虑气管插管下获得痰液及鼻咽拭子样本。

共识5

疑似新发病原体、临床上提示可能有一定的传染性，或者疑似特殊病原体或罕见病原感染，常规微生物检测方法阴性，建议尽快完善mNGS。

共识6

疑似存在混合感染，常规微生物检查结果不能解释临床表现的全貌或抗感染治疗的反应，经验性治疗3天无效时，建议进一步完善常规检测的基础上，开展mNGS。

共识7

出现某种感染性疾病的聚集性发病或者疑似院内感染暴发，在常规快速检测不能明确病原时，建议开展mNGS。

共识8

疑似局部感染，如眼部（角膜炎或溃疡、眼内炎、急性视网膜坏死等）、鼻部、耳部或局部蜂窝织炎等，在常规微生物检测未能明确病原情况下，可开展mNGS。

共识9

由于各种原因导致的胸腔积液及腹腔积液，在送检常规生化及培养的同时留取胸、腹腔积液样本，若常规、培养阴性或经验性抗感染治疗3天无效，仍怀疑感染所致者，建议立即送检mNGS。

共识10

对于mNGS检测阴性但临床高度怀疑感染的患儿，必要时再次取样复查mNGS。

共识11

对常规微生物学检查容易明确病原体且经验治疗通常有效的感染，不建议常规进行mNGS检测。不建议应用mNGS评估抗感染治疗效果。

新生儿重症监护病房感染性疾病患儿送检宏基因组二代测序流程

注：a呼吸道感染优先选择肺泡灌洗液，再考虑痰液和鼻咽拭子样本；b推荐DNA测序作为血流感染的首选检测方法，RNA病毒感染不除外的情况推荐RNA测序；对于呼吸道感染，同时进行RNA和DNA测序；对于中枢神经系统感染，在排除病毒感染的情况下，优先进行DNA测序；当怀疑病毒感染或临床表现复杂，无特定怀疑方向时，可同时进行RNA和DNA测序

二、标本采集和转运

共识12

各类型样本采集需要无菌操作，血液、高凝状态的胸腔积液、腹腔积液、脑脊液样本，采集后需上下颠倒混匀5~10次。非血液标本采集通常采用带螺旋盖的无菌冻存管，但预期可能凝集的标本及血液样本需采用专用采血管。所有样本采集完成后，均需要封口膜密封，条码标记。

共识13

推荐直接从患儿感染部位的体液或组织中采集样本。

共识14

患儿存在感染表现但病情危重或不能耐受有创操作时，可考虑采集患儿的血液标本进行常规微生物方法检测的同时送检mNGS。

三、报告解读

共识15

mNGS检测报告应参考检测方法的数据和检出病原序列数量、基因组覆盖度、微生物丰度等指标，结合标本采集部位、检出病原的致病特性以及患儿临床资料进行个体化解读。

共识16

源于微生物正常定植部位的标本（例如支气管肺泡灌洗液），鉴别检出序列是属于致病微生物、污染物，还是定植菌群较为困难，应综合患儿临床表现及辅助检查综合判断。

共识17

在新生儿群体中谨慎应用mNGS进行耐药基因检测。只有标本来源于无菌区（如血液、脑脊液）且标本采集过程污染概率极低时，可考虑检测耐药基因。建议检测单位选择筛选具有重要临床意义的耐药基因进行报告，意义不明确、干扰临床解读的耐药基因应慎重报告；建议临床对报告的耐药基因慎重解读，综合报告病原菌、患儿基本情况、临床药敏结果等多个因素进行判断。

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参考文献：

1、中华医学会儿科学分会新生儿学组, 中华儿科杂志编辑委员会. 宏基因组二代测序技术在新生儿感染性疾病中的临床应用专家共识 [J] . 中华儿科杂志, 2022, 60(6) : 516-521. DOI: 10.3760/cma.j.cn112140-20220113-00046.